Secuenciación del domino I del gen NS5A del virus de la hepatitis C para la detección de resistencias a antivirales de acción directa

Abstract

[ES] Introducción. La infección por el virus de la hepatitis C (VHC) representa un problema sanitario de gran magnitud debido a (1) su elevada prevalencia ¿aproximadamente un 2% de la población española-; (2) la elevada frecuencia de infección crónica -en torno al 70%-80%-; y (3) la dificultad en la obtención de una vacuna eficaz. Actualmente la infección por el VHC constituye la causa más común de hepatitis crónica vírica en España, y una de las principales causas de enfermedades digestivas tales como la hipertensión portal, las varices esofagogástricas, la cirrosis hepática, y el cáncer de hígado, entre otras. Existe un amplio abanico de nuevos compuestos antivirales que se encuentran en varios estadios de desarrollo pre-clínico y clínico, entre ellos inhibidores de los enzimas del virus proteasa NS3, NS5A, ARN polimerasa-ARN dependiente (NS5B), y otros. Los de mayor potencia y efectividad son los inhibidores de NS5A y de NS5B. No es difícil pensar que las resistencias a los nuevos fármacos pueden representar un problema de Salud Pública y un incremento significativo de costes, como lo representan de hecho en el caso del VIH. Por tanto, la caracterización de virus resistentes a estos fármacos en desarrollo resulta de una importancia capital, para 1) poder diseñar futuras estrategias de detección de mutaciones de resistencia a los nuevos antivirales y 2) actuar preventivamente con el objetivo de evitar, o al menos retrasar, su extensión, prolongando el periodo de efectividad de los fármacos.

El objetivo de este trabajo de fin de grado es hacer un estudio epidemiológico de las resistencias a fármacos inhibidores de NS5A en aislados naturales del VHC, presentes en muestras clínicas de hospitales de nuestro entorno, incluyendo comparaciones con secuencias disponibles en bases de datos internacionales (Genbank, EuHCVdB, Los Alamos), con secuencias ya disponibles en el laboratorio, y con los perfiles de resistencia disponibles en la literatura.

Diseño: Se determinará la variabilidad de NS5A del VHC presente en pacientes con infección por VHC de nuestro entorno. Se secuenciará, en concreto, el domino I de la región NS5A, implicado en resistencia a inhibidores como el daclatasvir y el ledipasvir, y también se analizarán en conjunto datos obtenidos previamente en el laboratorio. Las secuencias obtenidas permitirán el análisis de la variabilidad natural del virus en nuestra Comunidad, y la identificación de virus resistentes. También se compararán los datos de diversidad genética de aislados naturales con los descritos en bases de datos.

[EN] Infection by hepatitis C virus (HCV) is a health problem of great magnitude due to (1) its high prevalence approx. 2% of the Spanish population; (2) the high frequency of chronic infection- around 70%-80%-; and (3) difficulty in obtaining an effective vaccine, Currently, HCV is the most common cause of chronic viral hepatitis in Spain, and one of the main causes of hepatic cirrosis and liver cancer. A wide range of new antiviral compounds that are in various stages of pre-clinical and clinical researches, including enzyme inhibitors of virus protease-NS3, NS5A, RNA-dependent RNA polymerase (NS5B). The most potent and effective ones are inhibitors of NS5A and NS5B. The resistances to the new drugs may represent a public health problem and this is the case for the treatment of human immunodeficiency virus (HIV). The usefulness for the detection of natural HCV mutations that confer resistance to new antiviral is controversial. The objective of this work is to perform an epidemiological study of resistance to HCV NS5A inhibitor drugs in clinical isolates from samples obtained in hospital from our area, including sequences previously available in the laboratory, in order to compare the resistance profiles with that available in literature. The variability of NS5A of HCV in patients with genotype 1, subtype 1b was determined. It was sequenced, namely, the domain I NS5A region where resistance mutations to NS5A inhibitors like Daclatasvir or Ledipasvir are located and the results were also analyzed together with sequences obtained previously in the laboratory. The sequences obtained have allowed us to identify the natural variability of the virus in our community, and potentially resistant viral isolates.