Caracterización de microorganismos aislados de caries de dentina

Abstract

[ES] La caries es una infección con una etiología polimicrobiana pobremente caracterizada, ya que muchos de los microorganismos involucrados en la patología no han sido todavía cultivados. En el presente proyecto, se utilizaron muestras procedentes de caries de dentina para cultivar bacterias en distintos medios de cultivo especialmente diseñados para aislar microorganismos orales, y bajo condiciones anaerobias. Se extrajo el ADN de dichos aislados, amplificando mediante PCR el gen ARNr 16S, que se secuenció mediante la tecnología Sanger. Las secuencias se compararon con la base de datos RDP para identificar las especies cultivadas, considerando que se han aislado nuevas especies si la secuencia completa tiene un porcentaje de similitud inferior al 97% comparado con la especie descrita más cercana. Se obtuvieron 92 aislados pertenecientes a 14 géneros bacterianos diferentes, siendo el género Streptococcus el más común ya que se obtuvo en una proporción del 55% respecto al total. Además los géneros Streptococcus, Lactobacillus y Staphylococcus representaban el 77%. El aislado que mostraba una divergencia mayor en su 16S fue secuenciado en su totalidad mediante la tecnología Illumina y la secuencia mostró que se trata de una nueva especie bacteriana. Además de realizar un cepario con todos los aislados caracterizados y de tratar de identificar nuevas especies responsables de la caries, se realizaron pruebas de actividad colagenasa para aislados seleccionados, a fin de determinar si las bacterias responsables de la caries de dentina son capaces de degradar el colágeno, que es la proteína más abundante en el tejido dentinario, y que tradicionalmente se ha considerado que es degradado mayoritariamente por las metaloproteinasas humanas. No se obtuvieron resultados significativos para poder afirmar que los aislados de dentina tenían capacidad de degradar el colágeno.

[EN] Dental caries is an infection with a poorly characterized etiology because it is a polymicrobial disease and many cariogenic microorganisms have not been cultured yet. In this project, dentin samples were used to grow bacteria in different culture media specially designed to isolate oral microorganisms under anaerobic conditions. DNA of the bacteria was extracted, the 16S rRNA gene was amplified by PCR and sequenced using Sanger sequencing method. Sequences were compared with RDP database for identification of the cultured isolates. If the complete sequence has a pairwise similarity lower than 97% compared to the closest species described, it will be considered a new bacterial species. We obtained 92 isolates and 14 different bacterial genera. Streptococcus was the genera most abundant with a 55%. Moreover, the genera Streptococcus, Lactobacillus and Staphylococcus accounted for 77% of the total. The isolated which showed a greater divergence of 16S was fully sequenced by Illumina technology and the sequence showed that it is a new bacterial species. Besides storing characterized isolates and trying to isolate new species responsible for caries, collagenase activity assays were performed for selected isolates to determine if the bacteria responsible for dentin caries are capable of degrading the collagen, which is the most abundant protein in the dentin tissue although traditionally it has been considered to be mostly degraded by human metalloproteinases. No significant results were obtained to assert that dentin isolates were capable of degrading collagen.